ChemDraw 대체 프로그램을 SMILES / MOL 지원, 입체화학, 반응식, 출판용 벡터 내보내기 기준으로 비교하고 용도별로 무엇을 골라야 하는지 정리했습니다.
SciFig Team
Scientific Illustration Experts
쓸 만한 ChemDraw 대체 프로그램은 화학적 의미를 다룰 수 있어야 합니다.
선만 그어서는 부족합니다. 구조식 편집기와 범용 벡터 도구를 가르는 지점이 바로 여기입니다. 구조식 편집기는 탄소가 결합을 네 개 갖는다는 것을 알고, 입체화학을 이해하며, SMILES·InChI·MOL 사이를 오가도 정보를 잃지 않습니다. 범용 드로잉 도구가 만들어내는 것은 그저 “분자처럼 보이는 도형”이고, 심사위원도 케모인포매틱스 파이프라인도 그 차이를 알아봅니다.
원자가를 지키며 그려진 벤젠 고리와, 범용 벡터 도구로 그려 겉모습만 비슷한 도형을 나란히 비교한 그림 (SciFig으로 생성한 그림)
구조식 편집기가 반드시 해내야 할 다섯 가지
원자가를 강제한다. 화학적으로 불가능한 구조를 애초에 막는다.
표준 포맷을 손실 없이 오간다. SMILES·InChI·MOL·SDF 가져오기와 내보내기.
입체화학을 표현한다. 쐐기 결합과 점선 결합이 내보낸 뒤에도 유지되어야 한다.
반응식을 그린다. 반응 화살표, 반응 조건, 다단계 배치를 지원해야 한다.
출판용 벡터로 내보낸다. 학술지 규격을 충족하는 수준으로.
앞의 두 가지 중 하나라도 없으면 그것은 화학 도구가 아니라 그리기 프로그램입니다. 이 조건으로 먼저 걸러낸 다음에 나머지를 비교하십시오. 인터페이스의 완성도나 가격은 “결과물이 화학적으로 성립하는가”보다 뒤에 오는 문제입니다
다만 이 조건이 덮는 것은 일의 절반입니다. 분자를 그리는 것과 그 분자가 들어갈 그림을 완성하는 것은 서로 다른 작업이고, 대부분은 둘 다 필요합니다. 그래서 아래 ChemDraw 대체 프로그램 목록은 지금 어느 쪽 작업을 하고 있는지로 나누어 정리했습니다. 기능 개수로 줄 세운 것이 아닙니다.
대체 프로그램 비교
작업도 두 가지, 도구도 두 가지입니다. 「어느 작업인가」 열을 먼저 보십시오 —— 그 항목이 당신의 구조식을 노리는지 그림을 노리는지 알 수 있습니다. 목록의 대부분은 앞쪽이고, 뒤쪽은 하나뿐입니다.
도구
어느 작업인가
라이선스
SMILES / MOL
반응식
벡터 내보내기
가장 적합한 용도
MarvinSketch
구조식을 그린다
학술용 무료
지원
지원
지원
손으로 자주 그리고 학술 소속이 있는 경우
SciFig
그림을 완성한다
무료 제공량, 설치 불필요
미지원
그리지 않고 생성
레이어 SVG / PPTX / 8K PNG
출판용 그림을 빠르게 얻고, 필요하면 요소 단위로 고칠 수 있음
ChemDoodle
구조식을 그린다
유료, 영구 라이선스 선택 가능
지원
지원
지원
기관 구매에서 ChemDraw가 가격으로 탈락한 경우
KingDraw
구조식을 그린다
무료
지원
지원
지원
가끔 그리거나 내세울 학술 소속이 없는 경우
RDKit
구조식을 생성한다
오픈소스, 라이브러리
지원
제한적
SVG
데이터 표에서 수십 개를 한 번에 렌더링
Open Babel
형식을 변환한다
오픈소스, 변환기
지원
미지원
툴체인 경유
파이프라인 가장자리의 형식 변환
Inkscape + 템플릿
무엇이든 그린다
오픈소스
미지원
수작업
지원
이미 내보낸 구조식에 주석 달기
🔬 SMILES 열에 대하여: 기계 판독 형식을 손실 없이 오가는 것은 구조식 편집기의 능력이고 SciFig에는 없습니다. 빠뜨린 것이 아니라 맡은 작업이 다르기 때문이며, 이 행을 지탱하는 것은 「가장 적합한 용도」 열입니다.
가장 자주 추천되는 도구이며, ChemDraw 대체 프로그램을 찾는 사람이 처음 정착하는 곳이기도 합니다. 학술용은 무료이고 InChI를 포함한 포맷 지원이 완전하며, 입체화학 처리가 안정적이고 반응식 편집도 충분히 쓸 만합니다. Java 기반이라는 점이 인터페이스에서 드러나지만, 일상적인 논문 작업에 필요한 능력은 ChemDraw에 근접합니다.
SciFig
다른 쪽 작업입니다. 구조식 편집기가 결합을 하나씩 직접 놓으라고 요구하는 반면, 화학 구조식 생성기는 글로 된 설명을 받아 골격 구조식, 유기 화합물 구조, 선-결합 그림을 몇 초 만에 돌려줍니다 —— 한 획씩 그릴 필요가 없습니다.
연구 작업에서 정작 중요한 것은 그다음입니다. 결과물은 브라우저 안의 벡터 캔버스에서 열리고 모든 요소를 편집할 수 있습니다 —— 결합, 라벨, 화살표, 패널 기호 —— 과학 조판(아래첨자·위첨자·그리스 문자·화학식)도 기본 제공됩니다. 돌아온 것을 확인하고, 필요한 부분을 조정하고, 레이어 SVG나 편집 가능한 PPTX로 내보내면 됩니다. 초안은 빠르게, 수정 단계에는 완전한 통제권이 준비되어 있습니다 —— 반드시 고쳐야 한다는 뜻이 아니라, 심사 의견이 왔을 때 거기 있다는 뜻입니다. 빈 캔버스에도 고정 템플릿에도 없는 조합입니다.
🔴 경계를 분명히 해둡니다: SciFig는 원자가를 강제하지 않고 SMILES·InChI·MOL도 내보내지 않습니다. 이 글 첫머리의 조건에 비추면 구조식 편집기가 아니며, 그렇게 내세우지도 않습니다 —— 「그림」을 위한 ChemDraw 대체이지 「구조식」을 위한 것이 아닙니다. 구조식 자체가 결론이라면 MarvinSketch나 KingDraw로 그리고 기계 판독 문자열을 남기십시오. SciFig는 그 구조식이 놓일 그림을 위해 쓰십시오.
ChemDoodle
사용감과 출력 품질 면에서 ChemDraw에 가장 가까운 상용 제품입니다. 구독만이 아니라 영구 라이선스를 고를 수 있어서, 반복 비용을 꺼리는 연구실에 맞습니다. 웹 컴포넌트도 유용해서 강의 자료에 구조식을 삽입할 때 쓸모가 있습니다.
KingDraw
완전 무료이고 학술 소속을 확인하지 않으며, 실행이 빠르고 데스크톱과 모바일에서 모두 쓸 수 있습니다. 포맷 지원도 탄탄합니다. 비용이 가장 큰 제약이라면 진입 문턱이 가장 낮은 이것부터 시험해 볼 만합니다. 다만 원고 하나를 통째로 맡기기 전에, 목표 학술지의 요구 사항에 맞춰 내보내기 품질을 확인하십시오.
RDKit
대화형 편집기가 아니라 케모인포매틱스 라이브러리이며, 구조를 “그리는” 대신 “생성하는” 상황에서 정답이 되는 선택지입니다. 데이터 표에 있는 화합물 백 개의 그림이 필요하다면, 하나씩 그리는 것보다 스크립트를 쓰는 편이 빠르고 오류도 적으며, SVG를 바로 렌더링합니다.
화살표 위에 반응 조건을 표기한 반응식. 결합 길이와 결합각이 출판 관행에 맞게 일관되게 그려져 있다 (SciFig으로 생성한 그림)
어떤 ChemDraw 대체 프로그램을 골라야 할까
솔직히 말하면 답은 한 가지 질문에서 갈립니다. 구조를 손으로 그리는가, 데이터에서 생성하는가.
손으로 그리고, 사용량이 많지 않다면. KingDraw. 가장 먼저 시험해 볼 무료 선택지입니다. 학술 소속을 묻지 않고 열자마자 쓸 수 있으며, 논문에 들어갈 구조식 몇 개에 관해서라면 ChemDraw에서 실제로 아쉬울 만한 기능은 대부분 갖추고 있습니다.
손으로 그리고, 사용량이 많으며, 학술 소속이 있다면. MarvinSketch. 반응식 편집과 포맷 범위가 무료 영역에서 ChemDraw에 가장 가깝고, 학술 라이선스는 기간 한정 체험판이 아니라 진짜로 무료입니다.
데이터에서 생성한다면. RDKit, 그리고 주변부의 포맷 변환은 Open Babel에 맡기십시오. 화합물이 스무 개를 넘어가는 지점부터는 스크립트가 속도와 일관성 양쪽에서 이깁니다.
필요한 것이 분자가 아니라 그림 자체라면. SciFig. 메커니즘 패널이나 경로도를 결합 하나씩 그리는 대신 설명으로 전달하고, 돌아온 초안을 캔버스에서 고치십시오.
기관 구매인데 ChemDraw가 가격 때문에 탈락했다면. ChemDoodle. 구매 절차를 통과할 수 있는 쪽입니다. 영구 라이선스는 예산 논의의 성격 자체를 바꾸고, 출력 품질에서 타협할 필요도 없습니다.
성립하는 주장은 이것입니다. 실제로 출판되는 화학 그림의 압도적 다수에는 충분하다는 것 —— 기능 동등성보다 이쪽이 판단 재료로 더 유용합니다.
같은 구조가 SMILES와 MOL을 오간 뒤에도 기하 구조와 입체화학 정보가 보존됨을 보여주는 그림 (SciFig으로 생성한 그림)
브라우저에서 쓰는 선택지: ChemDraw online과 Ketcher
계속 등장하는 두 이름은 구분해 둘 필요가 있습니다.
ChemDraw online은 무료 등급이 아닙니다. 구독을 통해 브라우저로 제공되는 정품이며, 해결해 주는 것은 설치의 번거로움이지 비용이 아닙니다. 소속 기관에 사이트 라이선스가 있다면 편리하지만, 가격 때문에 대체를 찾고 있다면 이것은 대체가 아닙니다.
Ketcher는 EPAM이 개발한 진짜 무료 오픈소스 ChemDraw 대체 프로그램으로, 전부 브라우저 안에서 동작합니다. SMILES와 MOL을 다루고 반응식을 그리며 웹 애플리케이션에 깔끔하게 삽입됩니다. 사실 대부분의 사람은 다른 화학 플랫폼에 내장된 편집기로 Ketcher를 처음 만납니다. 단독 상시 편집기로 보면 MarvinSketch나 KingDraw보다 얇고, 템플릿과 출판용 내보내기의 완성도도 낮습니다. 최고의 데스크톱 대체품이 아니라 최고의 임베드용 구조식 편집기로 보십시오.
인터넷에서 찾게 될 다른 브라우저 도구에도 같은 기준이 적용됩니다. 그림을 맡기기 전에, 내보내기가 학술지 규격을 충족하는 진짜 벡터인지 먼저 확인하십시오.
벡터 편집기로 구조식을 그리지 마십시오
분자가 하나만 필요할 때 ChemDraw 대체 프로그램 대신 Illustrator를 여는 것은 솔깃한 선택이지만, 세 가지 문제를 낳습니다.
첫째는 정확성입니다. 손으로 그린 구조에는 잘못된 결합각, 빠진 수소, 들쭉날쭉한 결합 길이가 쌓이고, 화학을 아는 심사위원은 그것을 알아봅니다. 둘째는 기계 가독성입니다. 손으로 그린 구조는 SMILES를 갖지 않으므로 검증할 수도, 색인할 수도, 재사용할 수도 없습니다. 셋째는 일관성입니다. 여러 그림에 흩어져 그려진 구조는 스타일이 조금씩 어긋나고, 패널을 나란히 놓으면 그 어긋남이 눈에 띕니다.
벡터 편집기에서 구조에 주석을 달아야 한다면——강조 표시나 라벨을 더해야 한다면——먼저 구조식 편집기에서 SVG로 내보낸 다음 그 위에 겹치십시오. 바탕의 기하 정보는 건드리지 마십시오.
팁
그림에 들어가는 모든 구조에 대해 SMILES 문자열을 그림 설명이나 보충 자료에 기록해 두십시오. 그림이 검증 가능해지고 독자가 다시 그리지 않고도 그 화합물을 재사용할 수 있습니다. 제대로 된 구조식 편집기를 쓰고 있다면 몇 초면 끝나는 일입니다.
구조식 편집기가 주는 것은 분자 그 자체이지 그림이 아닙니다. 메커니즘 패널, 경로의 맥락, 실험 개요도 —— 구조식은 그 안에 놓입니다. 시간이 드는 쪽은 후반부이고, 그것은 위의 어떤 도구도 겨냥하지 않는 영역입니다.
여기서부터는 텍스트로 그림 만들기가 이어받습니다. 필요한 패널을 설명해 편집 가능한 초안을 받고, 구조식 편집기가 내보낸 것과 조합하십시오. 원자가가 검증된 구조는 SVG로 유지한 채 더 넓은 레이아웃에 배치하고 두 레이어를 모두 편집 가능하게 두면, 심사 의견 한 줄이 다시 그리기가 아니라 몇 분으로 끝납니다.
두 역할은 각자의 자리를 지킵니다. 구조식 편집기가 화학적 정확성을 보증하고, 그림 도구가 올바른 분자에서 완성된 패널까지 데려갑니다.
키랄 중심의 쐐기 결합과 점선 결합 표기. 출판 관행에 맞게 그려져 있다 (SciFig으로 생성한 그림)
학술 사용자에게는 MarvinSketch가 가장 강력합니다. SMILES, InChI, MOL, 입체화학, 반응식을 모두 다룹니다. KingDraw도 실제로 시험해 볼 만한 무료 선택지이며, 모바일이나 가벼운 데스크톱 편집기가 필요하거나 내세울 학술 소속이 없을 때 특히 그렇습니다.
아닙니다. ChemDraw online은 정품의 브라우저 버전이며 구독이나 기관 사이트 라이선스가 필요합니다. 가격 때문에 찾고 있다면 이것은 무료 대체가 아닙니다. Ketcher, KingDraw, MarvinSketch가 그에 해당합니다.
그릴 수는 있지만 권하지 않습니다. 벡터 편집기는 원자가를 검증하지 않고 SMILES도 만들지 않으며 기하의 불일치를 부추깁니다. 구조식 편집기에서 그리고, 라벨을 더해야 한다면 내보낸 SVG 위에 겹치십시오.
RDKit입니다. 편집기가 아니라 라이브러리이고, 이 목록에서 손으로 그리는 규모의 한계를 넘어설 수 있는 유일한 선택지이기 때문입니다. 데이터 표에서 스크립트로 구조를 렌더링하는 편이 빠르고 오류도 적으며 SVG를 바로 출력합니다.
대부분 벡터 그림을 요구하고, 상당수는 보충 자료에 SMILES나 MOL 같은 기계 판독 가능한 구조를 함께 제출하도록 요청합니다. 투고 규정을 확인하십시오. 화학 학술지는 이 점에서 다른 분야보다 엄격합니다.
공급사의 학술 약관에 따라 학술 및 개인 용도는 무료이며, 상업적 사용에는 라이선스가 필요합니다. 이에 의존하기 전에 본인의 기관과 프로젝트 상황에 비추어 현행 약관을 확인하십시오.
넣어야 합니다. SMILES를 그림 설명이나 보충 자료에 기록해 두면 구조가 검증 가능해지고 재사용도 쉬워집니다. 제대로 된 구조식 편집기로 그렸다면 드는 비용은 거의 없습니다.
