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免費基因調控圖產生器

以帶作用類型的連結組織活化因子、抑制因子與標的基因,再比較回饋及自訂連結預設。

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基因調控網路

選擇機制範例,編輯標示,並在本機匯出圖形。

圖形選項
科學標示
調控連結
轉錄因子 → 標的基因
抑制因子 → 標的基因
標的基因 → 基因產物

免費基因調控圖產生器— 範本與範例

更新於

基因調控繪圖工具

免費基因調控圖產生器

以帶作用類型的連結組織活化因子、抑制因子與標的基因,再比較回饋及自訂連結預設。

基因調控圖說明調控因子如何活化或抑制基因表現。SciFig 提供由調控因子、抑制因子、標的基因及基因產物組成的有限模型,可編輯標示、使用活化箭頭與抑制端點,並加入可選的負回饋連結。

基因調控模型:活化因子與抑制因子連到同一個標的基因及其產物
  • 為調控因子命名
  • 使用活化箭頭
  • 顯示返回上游的調控連結
  • 編輯活化與抑制連結

基因調控圖功能

在 SciFig 中集中設定基因調控圖的內容、連結檢視與匯出結果。

連結調控因子與標的基因

以清楚的關係圖連結調控因子與標的基因,並採用材料中的名稱。先呈現哪個因子作用於哪個標的,協助讀者掌握局部調控關係,再討論更大的網路。

  • 為調控因子命名
  • 標示標的基因
  • 保留連結方向
連結調控因子與標的基因

區分活化與抑制

以箭頭表示活化,或用平頭端點表示抑制。改變作用類型時,預設物件維持不變,所述作用則隨連結改變。不同端點讓圖形在灰階顯示或與其他配色並列時,依然清楚可讀。

  • 使用活化箭頭
  • 使用抑制端點
  • 透過連結端點區分作用
區分活化與抑制

說明調控回饋迴路

使用回饋預設,呈現下游產物或調控因子如何連回較早的調控步驟。回饋是所述機制中的關係,而不是從表現量推算的預測。以局部迴路為例,方便課程說明單向路徑之外的調控。

  • 顯示返回上游的調控連結
  • 標示迴路組成
  • 區分回饋與單向鏈路
說明調控回饋迴路

編輯精簡的調控模型

依說明需要,連結預設的活化因子、抑制因子、標的基因與產物。重新命名物件,選擇各連結的作用,再匯出圖形。圖中記錄輸入的關係,而不是從 RNA-seq 表格推論網路。

  • 重新命名預設調控物件
  • 新增或移除活化、抑制連結
  • 將設定的模型匯出成 SVG 或 PNG
編輯調控連結

如何繪製圖形

使用下方基因調控圖控制項,依選定機制與標示製作圖形。

  1. 選擇調控因子與標的範例

    選擇總覽或重點範例,先查看轉錄因子、抑制因子、標的基因與產物之間的連結。圖中物件的位置保持穩定,可先確認要說明的活化、抑制或回饋關係,再將名稱改為教材或報告中的實際用語。

  2. 設定連結與回饋

    選擇起點與終點節點,並為指定關係設定活化或抑制作用。可依需要修改、移除現有連結。說明涉及返回上游的調控時,開啟基因產物回饋選項,呈現單向序列之外的連結。

  3. 編輯標題與標示

    輸入清楚的標題,將調控因子、標的基因與產物名稱改為文件採用的術語。重新命名時,預設物件的配置與選定連結作用維持不變。對照正文核對分子縮寫,並確認活化箭頭與抑制端點仍對應正在說明的關係。

  4. 下載標示完成的圖形

    選擇 SVG 可取得可縮放向量圖,PNG 則適合簡報、講義或文件。匯出結果保留選定檢視與標示。將圖形與相關說明一併保存,日後文字更動時即可同步更新並重新匯出。

基因調控圖的用途

以附標示的基因調控圖,將材料中的機制說明轉為可見圖形。

基因調控模型:活化因子與抑制因子連到同一個標的基因及其產物

說明轉錄調控

教學分圖可將活化因子與抑制因子放在同一個標的基因旁。標示調控物件,為各連結選擇所述作用,讓讀者理解調控與基因產物的關係,同時與蛋白質合成各階段的示意圖區分。

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基因調控模型:活化因子與抑制因子連到同一個標的基因及其產物

對照正調控與負調控

沿用相同的調控因子與標的名稱,製作兩張作用類型不同的圖。學生可在熟悉的物件間比較活化箭頭與抑制端點。端點形狀會保留於匯出圖,離開課程投影片仍能看清各連結所述的關係。

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基因調控模型:基因產物對轉錄因子產生負回饋

在專題報告中介紹回饋

開啟回饋連結,呈現基因產物返回調控因子的關係。再與標示相同、未開啟回饋的圖比較,讓專題報告或實驗室討論能清楚看見關係如何改變。

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自訂調控模型:新增基因產物對抑制因子的活化連結

概述局部調控網路

計畫概覽可呈現活化因子、抑制因子對標的基因的作用,以及對應產物。為預設物件命名,選擇各作用類型,以精簡機制分圖概述關係,並與表現網路推論或差異表現計算分開呈現。

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基因調控模型:活化因子與抑制因子連到同一個標的基因及其產物

結合調控機制與表現資料

將調控圖與獨立製作的表現量圖表並列,各分圖的因子與標的名稱維持一致,以機制圖說明正在討論的關係。熱圖可另行概括量測結果;機制圖本身不計算差異表現。

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基因調控模型:活化因子與抑制因子連到同一個標的基因及其產物

製作基因調控參考圖

匯出附標示的 SVG 用於論文分圖,或以 PNG 製作學習筆記。保留調控因子、標的與產物名稱,以及不同作用端點。需要較廣的背景時,可另用蛋白質合成圖說明轉錄與轉譯。

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研究者如何使用 SciFig

我的教學分圖需要呈現活化因子與抑制因子作用於同一個基因,而不是再畫一次轉錄與轉譯。基因調控圖將因子、標的與產物放在一起。我選好連結的作用類型後匯出,讓學生比較不同作用如何改變機制說明。

Mira L.

赫爾辛基大學|分子遺傳學講師

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基因調控圖常見問題

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行動號召背景

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繪製基因調控圖

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