研究方法流程图（methods figure flowchart）展示样本的实验流转过程。
它将实验各阶段与最终用于分析的测量数据连接起来。
先理清起始材料、操作、对照与输出之间的关系。读者应当能够沿着一个样本，从来源一路看到最终测量指标，而不用猜箭头的含义。图负责呈现方法的结构；复现实验所需的细节仍由文字方案提供。
研究方法流程图应该画哪些内容？
保留能让读者还原实验逻辑的信息：起始材料、分组、主要操作、判定条件和测量输出。详细操作说明则放在方法正文或链接的实验方案中。
下表可作为起草参考。这些是编辑层面的建议，不是某本期刊的报告核对清单；你的研究设计和目标期刊可能还要求其他信息。
| 要素 | 放入流程图 | 留在方法正文 |
|---|---|---|
| 起始材料 | 样本类型与相关来源 | 采集方法及来源详细信息 |
| 分组 | 对照组与干预组名称 | 分组方式及完整处理条件 |
| 操作 | 主要处理或测量步骤 | 仪器设置与完整操作说明 |
| 判定 | 判定标准和标明去向的分支 | 标准依据及异常情况处理 |
| 输出 | 明确的测量指标或数据集名称 | 分析软件、参数和统计方法 |
| 重复 | 理解设计所必需的重复单位 | 完整样本量依据与重复的定义 |
通用实验流程图不能替代特定研究要求的报告图。临床试验可能需要人数相互核对一致的受试者流程图，系统综述可能需要文献筛选流程图。画出一般实验示意图，并不代表已经符合这些报告规范。
第一步：从实验方案中提炼逻辑
打开绘图工具前，先把已确认的方法整理成一组简短的「材料与操作」陈述，避免让好看的图标反过来决定实验内容。
逐段阅读方法，找出每个主要阶段的输入与输出。在本文的假设示例中，流程可以是：准备细胞群体，将材料分配至溶剂对照组和处理组，收集目标材料，进行检测，再比较测量结果。具体顺序必须来自你自己的方案。不要为了让图显得严谨，就加入实际没有的随机分组、盲法或质量检查。
用「动词＋对象」描述每个阶段。「制备细胞悬液」比「准备」清楚，「测量荧光」比「结果」明确。如果方法产生多种输出，分别写出名称。笼统的「分析」终点会掩盖实验究竟测的是细胞数量、蛋白丰度、图像强度，还是其他指标。
提示
拿一个样本检验草稿，把每条箭头读成一句话：「这份材料经过这项操作，产生这个输出。」如果说不完整，就修改标签或删除这条箭头。
完成这一步时，应得到一份可供合作者核对的纯文字提纲。趁颜色、间距和插图还没让草稿看起来像定稿，修改会容易得多。
第二步：根据研究设计选择布局
单一路径适合线性布局，可比较的组适合平行泳道，有实际判定条件时才使用分支。布局应表达上一步梳理出的关系。
如果材料依次经过相同阶段而不分流，从左到右的顺序通常容易阅读；较窄的论文栏宽则可能更适合从上到下。两个方向都不天然更「科学」。选定一个主要阅读方向，并在子图中保持一致。
对照组与处理组经历可比较的操作时，可以使用平行泳道。将对应阶段对齐，读者就能直接找到实验差异，而不必在图中来回寻找。如果各组共用上游准备步骤，这一部分只画一次，再显示分流；如果准备过程不同，就分别绘制，不能暗示共用同一起始材料。
菱形判定框只用于有明确结果的问题。「质量合格吗？」还不够，方案必须定义标准，分支也要说明下一步去向。不存在是非判定时，使用普通操作框即可。把每项检测都放进菱形，只会增加视觉复杂度。
本文示例用平行泳道呈现比较关系：两组接受可比较的操作，并在对应泳道标明干预。可以在各泳道分别放置测量框，也可以在清楚标注的汇合之后放一个共用框。但如果样本分别分析，共用画法绝不能让读者误以为样本在实验中被实际混合。
如果主要问题是数月或数年内各工作阶段何时开展，你可能需要研究路线图，而不是实验流程图。除非时间直接影响实验解释，否则进度安排应另行呈现。
第三步：标清样本、对照、箭头与输出
标签要交代材料、操作和去向。箭头应始终表达同一种关系，通常是流程推进或材料转移。
首先统一全文的分组名称。正文写「溶剂对照」时，不要随手缩成「未处理」，除非两者确实等同。样本、时间点和检测输出的标识，应在流程图、图注与结果子图中保持一致。细小的命名差异，也会让同一次实验看起来像几项无关研究。
标签要能在预定展示尺寸下读清，但不能为了缩短而删掉区分步骤的词。如果蛋白提取与 RNA 提取的区别很重要，就不能都写成「提取」。缩写在图注中定义后可以节省空间；仅出现一次的自造缩写，通常反而增加阅读负担。
明确箭头表示时间顺序、样本转移，还是信息流。确实需要两种含义时，应使用不同线型并在图例中说明。不要只为填补空白加一条回箭头；闭环意味着某个过程重复发生，需要具体解释。
对照应画在它真正进入实验的位置。只在分析阶段加入的对照，不应看起来也经过了前期准备；经历完整流程的对照，则应在全过程中保持可见。把测量指标放在检测步骤旁边，让读者理解方法会产生哪类证据。
第四步：用明确的绘图说明生成草稿
把步骤顺序、分组结构、准确标签和布局要求一起交给绘图工具。说明越具体，歧义越少，也越容易核查。
借助 AI 绘图时，把已核实的科学内容与视觉偏好分开写。前半部分说明必须出现什么，后半部分说明如何排列，并明确要求保留给定步骤，不添加没有依据的操作或结果。
核对自己的实验方案后，可按下面的示例改写提示词：
在白色背景上绘制一张教学用实验流程示意图。先画共用的细胞准备步骤，再分成标有「溶剂对照组」和「处理组」的平行泳道。每条泳道均依次显示材料收集、检测和测量输出。两条泳道一直保持分离，直至测量结束。使用简短黑色标签、对齐的方框和从左到右的清晰箭头。不要添加样本数、剂量、时长、统计结果或未列出的操作。注明这是一张示意性例图。
这段说明刻意没有给出实验参数。绘制实际研究图时，应补充理解设计所必需、且经过核实的参数。不要让模型推断缺失的剂量、样本量或合格阈值；数字看着合理，也仍可能是编造的。
第五步：先检查科学含义，再调整视觉呈现
调整字体和颜色前，先将草稿与最终方法正文逐项核对。画面清楚，并不代表实验表达正确。
分别沿每条分支检查，确认材料在哪里分开、合并、排除或接受测量，并核对对照和干预标签始终对应正确路径。重点寻找误将独立样本合并的共用箭头、遗漏的对照步骤，以及没有交代去向的「否」分支。
再核对所有具体信息：分组名称、单位、时间点、样本数和缩写。示例或方案中没有的信息，不应出现在图里。AI 生成的示意图和手工拼绘的图一样需要审查；风格统一不能验证科学正确性。
请一位合作者在不看草拟图注的情况下解释流程。对方的理解能帮助定位问题。如果他说出的顺序不同，或误解了对照的加入位置，应修改图本身，而不是再加一段话为模糊画法辩解。结构清楚后，图注再补背景与定义。
第六步：写好图注，检查导出文件
图注应说明流程主题、图形编码的含义及做过哪些示意性简化，然后按读者实际看到的尺寸检查导出图。
先交代图展示什么，再解释需要说明的缩写、分组标签、线型和判定条件。明确区分教学示例与已经完成的实验记录。若为便于阅读而省略常规步骤，应说明这种简化，避免让读者把剩余方框当成完整操作规程。
例如：「实验比较的示意性概览。共用准备步骤后的材料分为溶剂对照组与处理组，各组在收集和测量阶段保持独立。箭头表示操作的推进顺序。详细实验条件见方法部分。」每句话都要根据实际设计调整，这段文字不能替代核查。
保留可编辑源文件，便于合作者审阅后修改标签。SciFig 提供 PNG/JPG 输出，以及在生成结果支持时使用的编辑或矢量导出流程。确认所选流程能提供需要的格式和可编辑能力；把位图放进演示文稿，并不会自动变成一组可编辑的图形元素。
将导出的科研插图放入目标文档，检查裁切、箭头端点、特殊字符、标签大小和清晰度。最后把图注与图并排再读一遍。投稿前也应查看期刊现行的 AI 辅助图像政策；工具能生成图像，不代表期刊允许使用。
当流程顺序、标签、图注与导出效果彼此一致时，这张研究方法流程图就可以交给合作者审阅了。将确认版本与方法文件一同保存，以后修改实验方案时，也同步核查图。
