Générateur de volcano plot gratuit

Un volcano plot met en relation la taille d’effet et la significativité statistique pour un ensemble de variables testées. En analyse d’expression différentielle, chaque point représente souvent un gène ou une protéine. Sa position horizontale indique généralement le log2 du fold change ; sa position verticale, le logarithme négatif en base 10 de la valeur p choisie. Précisez si cette valeur est ajustée ou non, ainsi que le sens de la comparaison.

Oui. Commencez gratuitement, sans carte bancaire : 150 crédits dès le premier jour (3 figures), puis des crédits de check-in quotidien qui augmentent avec votre série (jusqu’à 150 par jour) — jusqu’à environ 44 figures le premier mois. Invitez un ami et vous recevez chacun 200 crédits de plus. SciFig DataChart (graphiques basés sur les données) trace votre volcano plot directement à partir des tailles d’effet et des valeurs p de votre tableau. Associez les colonnes, définissez les seuils et les libellés, puis convertissez le résultat en SVG pour une édition vectorielle complète.

Il trace votre CSV. Fournissez à SciFig DataChart les tailles d’effet et les valeurs p de votre analyse d’expression différentielle dans un tableau CSV, TSV, TXT ou Excel, associez les colonnes d’effet et de valeur p, précisez si les valeurs sont ajustées ou non, puis choisissez le sens de la comparaison et les seuils.

Précisez la transformation et la comparaison. Ainsi, pour un log2 du fold change, indiquez le groupe au numérateur et le groupe de référence. L’axe vertical doit préciser qu’il représente le logarithme négatif en base 10 de valeurs p ajustées ou non ajustées. Un log2 du rapport de variation positif indique des valeurs plus élevées dans le groupe au numérateur. Un outil de volcano plot en ligne ne peut pas déduire ces choix de la forme du nuage de points.

Choisissez des seuils justifiés par votre plan d’analyse et votre méthode statistique. Aucune paire de seuils ne convient à toutes les études. Si une figure pédagogique comporte des lignes de seuil, présentez-les comme des exemples et vérifiez que les couleurs des points correspondent à ces lignes. Ne laissez pas un générateur de volcano plot choisir ou inventer les seuils de votre recherche.

Oui. Affinez les correspondances de colonnes, les seuils, les libellés et le style dans SciFig DataChart, puis régénérez à partir de votre tableau. Téléchargez PNG, PDF, TIFF ou EPS et le code Python, ou convertissez le résultat en SVG pour l’éditer dans SciFig Vector Canvas.